わたしの提供しているシリーズの場合、参考元のテンプレートが古いので、
（プラグイン導入前の物です）
プラグインをオンにしてると広告の表示がされなくなっていたようです。

参考記事

プラグインをオンにしてご利用の方は、
新たにフリーエリアプラグインを追加し、
そこに<%ad><%ad2>をコピペして入れてもらえれば、プラグインをオンにしても、ちゃんと広告が表示されます。
もしくはすでに入れているプラグインの下の方に改行タグを<br>入れてから<%ad><%ad2>をコピペしてもいいと思います。

また、HTMLが分かる方は、プラグインに関係ないフッターの部分などに<%ad><%ad2>を入れてもいいと思います。

広告の非表示で心配されている方がいましたら、上記のようにしてみてください。